La Iglesia copta se basa en las enseñanzas de San Marcos que trajo el cristianismo a Egipto durante el reinado del emperador romano Nerón en el siglo I. Según la tradición, el Apóstol Marcos fundó la primera iglesia de Egipto en Alejandría en el primer siglo. El Evangelista San Marcos, es el nombre tradicional del autor de uno de los Evangelios, fue martirizado en Alejandría el 25 de abril de 68. La tradición se identifica con John Mark, compañero de Pablo de Tarso (Sao Paulo), que fue el primero en escribir sobre la vida de Jesús cerca del año 56. Según la tradición, San Marcos fue a Alejandría después del martirio de San Pedro y San Paulo, donde escribió el Evangelio. Fue martirizado en esta ciudad arrastrando su cuerpo por las calles por caballos cerca de los años 68-80 DC.

Como San Pedro fue considerado el primer Papa de la Iglesia Católica Romana y San Andrés, el primer Patriarca de la Iglesia Ortodoxa, San Marcos es considerado el primer Patriarca de la Iglesia Copta, con sede en Alejandría. La palabra ‘copta’ o ‘copto’ tiene origen egipcio antiguo, significa “Egipcio“. La palabra copta se deriva de la palabra griega Aigyptos, que se derivó de “Hikaptah“, uno de los nombres de  la ciudad de Menfis que fue la primera capital del Antiguo Egipto. El uso moderno del término “copto” describe a los cristianos egipcios que pertenecen es la iglesia nacional de Egipto.

Durante la época del Emperador Romano Nerón, un gran número de egipcios, a diferencia de los griegos y los judíos, abrazaron la fe cristiana. Los cristianos fueron perseguidos por los romanos en muchas ocasiones; del siglo primero al siglo IV, pero el emperador Gallineus (260-268) emitió un decreto que concedía la libertad religiosa a los cristianos y, en consecuencia, se establecieron varias iglesias en Egipto. La época de gran persecución fue durante el reinado del emperador Diocleciano (284-305). Fue un período oscuro en la historia de la Iglesia Copta, hasta que los cristianos egipcios declararon el año 284 D.C, el año del ascenso de este emperador al trono de Roma como el inicio de Calendario Coptico o el “Calendario de los Mártires” que se usa hasta hoy en día por la iglesia copta egipcia en las misas e en las fiestas religiosas. El cristianismo se estaba extendiendo a través de Egipto contra la voluntad de los emperadores romanos.

En 313 DC, el emperador Constantino declaró su decreto, conocido como el “Edicto de Milán“, que reconocía al cristianismo como una de las principales religiones del Imperio Romano. El número de cristianos creció en Egipto y hubo un movimiento de violencia, a veces contra los paganos. Al mismo tiempo, apareció en Egipto una disputa sobre la naturaleza de Cristo, especialmente entre “Ario” que consideraba a Cristo como un mensajero de Dios y no tiene naturaleza divina, mientras que el patriarca de Alejandría “Alejandro” rechazó esta dicotomía, confirmando la naturaleza divina de Jesús. Entonces el emperador llamó a los padres al Concilio en Nicea que es una ciudad de Anatolia (ahora parte de Turquía) en 325 para discutir este tema presidido por el propio emperador.

En la primera conferencia ecuménica de obispos, discutieron si Jesús es una persona con dos naturalezas (divina y humana). Entre los presentes, Atanasio se encontró un nuevo diácono y compañero del obispo Alejandro de Alejandría, que se distinguió como el “mayor defensor contra los arrianos”. El Concilio de Nicea rechazó la dicotomía de Arius y confirmó la dicotomía de Alejandría e después, Arius fue excomulgado. Pronto Arius pudo reconciliarse con el emperador y fue llamado para que otro concilio se celebrara en Tiro en 334 anulando los decretos anteriores del concilio de Nicea. Atanasio que fue el obispo de Alejandría negó eso y por tanto fue exiliado a Francia en 336. Luego en Constantinopla, Arius murió, probablemente, fue envenenado. En Egipto y especialmente en Alejandría, Atanasio y sus sucesores fueron considerados los verdaderos líderes religiosos.

En 391, el emperador Teodosio reconoció el cristianismo como la única religión en el imperio, lo que condujo a una ola de violencia contra los templos antiguos y las escuelas filosóficas paganas, especialmente en Alejandría. En el siglo V, los patriarcas de Alejandría tenían un gran poder en el mundo cristiano. La iglesia de Alejandría adoptó la doctrina de la naturaleza divina única o Monofisita; mientras que la Iglesia de Constantinopla adoptó la doctrina Bifisita o Diofisita (dos naturalezas unidas, humana y divina). En 451, el Concilio Ecuménico de Calcedonia se celebró en Asia Menor bajo el liderazgo del Emperador, que repudió la doctrina de Eutiques sobre el monofisismo y declaró la dualidad humana y divina de Jesús. La afirmación de la existencia de dos naturalezas en la única Persona de Cristo: Diofisismo contra Monofisismo: condujo a un cisma e separación de la iglesia egipcia nacional  de la Iglesia de Constantinopla y Roma. La iglesia egipcia rechazó las decisiones del Concilio de Calcedonia y el Patriarca de Alejandría “Dioscuro” fue exiliado. Los emperadores romanos enviaron a los patriarcas a gobernar la iglesia de Alejandría, pero la gente apoyó a los patriarcas nacionales de Egipto hasta la conquista islámica en 641, y los musulmanes árabes reconocieron a los líderes de la Iglesia Ortodoxa Copta, y toleraron con los asuntos religiosos.

El Monasticismo nació en Egipto y fue instrumental en la formación del carácter de la Iglesia Copta de sumisión y humildad, gracias a las enseñanzas y escritos de los Grandes Padres del Desiertos de Egipto. El Monasticismo comenzó en los últimos años del siglo III y floreció en el siglo IV. Los Coptas celebran la Navidad en 7 de Enero en cada año. Los cristianos de Egipto constituyen aproximadamente el 10% de la población total. Pero el número de cristianos de rito ortodoxo copto es de más de 40 millones en todo el mundo y está distribuido principalmente por Egipto (10 millones), Etiopía (30 millones) y Eritrea (2 millones), y también otros números en Palestina, Israel y Sudán.

El cristianismo es una religión minoritaria en Egipto. Los cristianos egipcios son conocidos como coptos y representan aproximadamente 10% de la población. Más del 95% de los cristianos egipcios pertenecen a la Iglesia Ortodoxa Copta de Alejandría, una Iglesia Ortodoxa Oriental. La Iglesia Copta es la comunidad cristiana más grande en el Medio Oriente y tiene entre 4 y 8 millones de seguidores en Egipto, además de entre 3 y 4 millones en el extranjero. Según otra estimación, la Iglesia Ortodoxa Copta es la principal iglesia cristiana en Egipto, donde tiene entre 6 y 11 millones de miembros; la mayoría de ellos vive en las capitales provinciales del Alto Egipto como en Assiut y Minya, Luxor e también El Cairo, Alexandria e muchos están dispersos en el resto de las gobernaciones en Egipto.